Desde la Edad Media, la cristiandad guipuzcoana estuvo integrada en la diócesis de Bayona, de Calahorra y finalmente de Pamplona. La Diócesis actual de San Sebastián se creó en 1950 por la bula del Papa Pío XII Quo commodius. Formó parte de la provincia eclesiástica de Burgos hasta 1956, y desde entonces es sufragánea de la de Pamplona. La diócesis se divide en 15 arciprestazgos, cuenta con 216 parroquias y 20 centros de culto.
En la carta que Mons. Uriarte publicaba el día del nombramiento de Mons. Munilla como obispo de Palencia (24-VI-2006), don Juan María recordaba las cualidades de D. José Ignacio:
«Ha sido párroco muy estimado por sus feligreses. Ha construido en pocos años un templo modélico y unas dependencias parroquiales admirables. Es un sacerdote mentalmente lúcido. Obtuvo [en Burgos] el título universitario de Licenciatura en Teología y espiritualidad. Tiene una inmensa capacidad de trabajo y unas cualidades muy notables de liderazgo espiritual. Ha ofrecido Ejercicios Espirituales, Retiros y conferencias fuera del ámbito de su parroquia. Los MCS lo conocéis por sus frecuentes artículos de prensa referidas a fenómenos sociales que afectan a la fe católica y por algunas intervenciones televisivas».
Y Mons. Uriarte aconsejaba a Mons. Munilla, el entonces el obispo más joven de España, con 44 años,
«que seas un buen pastor, icono del Buen Pastor Jesucristo, que enseñes el mensaje cristiano, lo representes sacramentalmente en la Liturgia y abras tu corazón, con amor afectivo y efectivo, a todos los hombres y mujeres, jóvenes o mayores, afectados por cualquier clase de miseria material, mental, social, espiritual y religiosa. Dios te ha dado muchas cualidades: vuélcalos plenamente en tu servicio episcopal. Eso significa consagrarse: entregarse plenamente, definitivamente y exclusivamente a un servicio. Sé pobre, sencillo, orante».
Monseñor Munilla ha relatado en diversas ocasiones los pasos principales de su vida. En una entrevista realizada por María Velázquez contaba que el discernimiento de su vocación sacerdotal, a los 17 años, «fue bastante rápido. El contexto del que el Señor se sirvió fueron unos ejercicios espirituales». Y de su vida sacerdotal declaraba que una de las experiencias que más le han marcado es «la celebración del sacramento de la confesión. Es impresionante comprobar la fuerza de la gracia de Cristo en las almas. Ser testigo de las conversiones, es algo que remueve el alma del sacerdote. A esto hay que añadir otras experiencias como la dirección de ejercicios espirituales, la experiencia de trato con jóvenes en torno a los encuentros mundiales de la juventud, convocados por el Papa».
Recordaba también don José Ignacio algunas vivencias duras de su vida de párroco, toda ella transcurrida en Zumárraga. «Un feligrés de mi parroquia de Zumárraga fue asesinado cruelmente a balazos por la organización terrorista ETA. El tener que afrontar aquella situación y la tensión vivida, fueron uno de esos grandes retos inolvidables en mi vida sacerdotal. También recuerdo que el Señor puso en mi camino a un número importante de heroinómanos, que primeramente hicieron un programa de recuperación, y posteriormente fueron muriendo a consecuencia del SIDA, uno tras otro. La atención espiritual de todos ellos, me hizo entender que el sacerdocio es un don de Dios que nos acompaña en el “parto” para la Vida Eterna».
De su vida presente declaraba: «diariamente tengo un programa radiofónico de una hora de duración, de 8 a 9 de la mañana, en Radio María España, explicando el Catecismo de la Iglesia Católica. Esto me obliga a madrugar, porque después de esa hora es ya difícil hacer oración, etc… Por lo demás, la agenda del obispo es muy imprevisible: visitas pastorales, despacho, medios de comunicación… Cuando abro la agenda para ver lo que me tiene reservado el día, le digo al Señor: ¡Que sea lo que tú que quieras!». Y aseguraba: «Creo sinceramente que no tengo deseos materiales para esta vida. ¿Qué otra cosa puedo pedir que hacer la voluntad de Dios? Recuerdo aquella cita de León Bloy: “existe una única tristeza: no ser santo”».
El escudo pastoral de Mons. Munilla lleva un Sagrado Corazón de Jesús, rodeado de una corona de espinas, y tiene como lema In te confido. Ése es el nombre de una página-web que le hicieron unos amigos, y que reúne muchos escritos publicados por él.
Con su hermano sacerdote Esteban, a partir de 1989, promovió en Guipúzcoa, el Grupo Loiola - Loiola Gazteen Taldea, como asociación privada de fieles, un movimiento que integra a niños, jóvenes y matrimonios, y que se ha extendido a otras diócesis. Loiola participa en Jóvenes por el Reino de Cristo y en el Apostolado de la Oración. El Señor ha suscitado en este movimiento un buen número de sacerdotes y de religiosas.
San Sebastián - Donosti recibe, pues, un gran Obispo. Demos gracias a Dios.
Y que no por eso teman los oyentes de Radio María que van a perderlo. Él sigue.
