(InfoCatólica) Mons. Filoni nació en Manduria, diócesis de Oria, en la provincia italiana de Taranto, el 15 de abril de 1946. Fue ordenado sacerdote el 3 de julio de 1970, incardinándose en la diócesis de Nardò. Es doctor en Filosofía y Derecho Canónico.
El prelado entró en el servicio diplomático de la Santa Sede el 3 de abril de 1981. El 17 de enero del 2001 fue nombrado arzobispo y Nuncio Apostólico en Jordania e Iraq, recibiendo la ordenación episcopal de manos del papa Juan Pablo II el 19 de marzo del mismo año. El 26 de febrero del 2006 fue nombrado Nuncio para Filipinas.
El 9 de junio del 2007, el Papa Benedicto XVI le nombró Sustituto para los Asuntos Generales de la Secretaría de Estado.
Además de su lengua natal, el nuevo Prefecto de la Congregación para la Evangelización de los Pueblos habla francés, español, inglés y portugués