(Agencias/InfoCatólica*) También calificó la homosexualidad como una enfermedad que hay que cuidar y, tras el huracán Katrina en 2005, comentó que no era "una coincidencia que las cinco clínicas abortistas y los clubes de Nueva Orleans resultasen destruidos", preguntándose si "el constatable aumento de los desastres naturales" no es consecuencia de la "contaminación espiritual", más que la medioambiental.
El nombramiento de Wagner llegó en plena polémica por la decisión del Papa de levantar la excomunión a los cuatro obispos ordenados por Marcel Lefebvre. Entre ellos estaba el británico Richard Williamson, que ha negado que existiesen las cámaras de gas y el Holocausto, lo que le valió al Papa muchas críticas, tanto de judíos como de católicos.
Poco después del nombramiento de Wagner, 31 de los 39 deanes de la diócesis de Linz aprobaron una declaración de no confianza en su contra, y posteriormente, la Conferencia Episcopal sugirió abiertamente al Papa mayor prudencia en la elección de obispos.
