(EP/InfoCatólica) La misa comenzó a las 9.45 horas con la presencia de los miembros del Ejecutivo foral; el presidente del Parlamento de Navarra, Alberto Catalán; la delegada del Gobierno en Navarra, Carmen Alba; y la alcaldesa de Javier, María José Guindano, entre otras autoridades.
Como es tradición, la comitiva de autoridades efectuó la entrada a la basílica precedida por el rey de armas y maceros. Tanto a la entrada como a la salida se interpretó el Himno de Navarra, composición musical denominada «Marcha para la entrada del Reyno».
En su homilía, el arzobispo de Pamplona recordó la figura del Santo, aludiendo a que «Javier es un modelo de misionero de ideales nobles y una figura que se agranda con el paso de los siglos, y símbolo de la nueva evangelización que propone el papa Francisco en su última exhortación». En otro momento, el arzobispo destacó que «parece que fomentamos una sociedad entristecida y, sin embargo, debemos llevar la alegría en la fe y la esperanza. Debemos superar las diferencias todos unidos, pues más vale estar unidos y ser pobres, que enfrentados en la riqueza».
Previamente, al comienzo de la eucaristía, el rector del Santuario de Javier, Javier Cortabarría, pidió «al Señor, a través de San Francisco, por Navarra, por sus gobernantes y ciudadanos, especialmente por los que tienen más necesidades, para que nos infunda el espíritu misionero en el momento y el lugar que nos toca vivir».